面對國際上區域經濟整合的風潮，為了避免被邊陲化，也避免成為其他區域整合貿易被轉向的目標，因此與特定貿易夥伴展開自由貿易協商，進而簽署區域自由貿易協定（Free Trade Agreement, FTA），是目前我國重要的經貿政策之一。藉由與他國簽署自由貿易協定，可消除彼此間的關稅、非關稅與相互投資障礙，享受自由化所帶來的利益及機會。防檢署積極配合經濟部推動與友邦簽署FTA之談判會議，以建立與友邦國家更緊密之貿易關係，所涉及檢疫相關議題之諮商談判係由防檢署主談。
目前已生效協定有：
