為提升動物檢疫相關檢測技術之準確率及公信力，本 分局在 99 年間即訂定以取得實驗室認證為目標，並自同年 5月開始著手蒐集及準備申請技術認證相關事宜。

經以動物檢疫檢測業務之執行需求及重要性分析後，擇定以飼料中動物性成分檢測技術向全國認證基金會提出認證申請。其後即指派動物檢疫課陳國揚技正、謝孟通技正及張倍彰技正等 3員負責認證作業之規劃與準備工作，陸續前往參加基金會相關訓練課程，包括「實驗室認證規範 ISO/IEC17025訓練」、「測試實驗室主管訓練」、「實驗室內部稽核研討會」及「實驗室文件撰寫及管理研討會」等 4項課程，共獲得 10紙證書。其後即進行品質手冊及管制作業程序等 26種文件之撰寫；強化實驗室環境、設備及材料之建置與改良；試驗分析儀器之維護與校正；試驗人員檢測技術之提升及能力試驗；實驗室內部稽核及提出矯正措施報告，以及完成實驗室管理審查會議等。

在完成申請技術認證之相關軟硬體設施設備、文件及技術能力後，即於本 (100)年 7月 1日向全國認證基金會提出申請，案經該會評鑑委員於 9月 8日前來現場評鑑，以及依據評鑑結果檢討流程及撰擬不符合事件 (NCR)改善矯正措施回復後，本年 11月 23日該會網頁正式公告本分局動物檢疫實驗室動物性成分檢測技術獲得認可。

本年 11月 29日 財團法人全國認證基金會正式頒授本分局動物檢疫實驗室為其認證之實驗室認證證書 (中英文 )1紙，認證有效期限為 100年 11月 29日至 103年 11月 28日。