臺中分署設置於臺中市，並於臺中港、臺中航空站、嘉義市及澎湖馬公市各設立檢疫站一處，執行轄區內進出口動植物及其產品檢疫、屠宰衛生督導業務並協助動植物防疫管理事項。
本分署轄區包括臺中市、彰化縣、南投縣、雲林縣、嘉義縣市及澎湖縣等七縣市，區內畜牧產業發達，生產之花卉、苗木、果蔬名聞遐邇；鬃羽類等畜產品亦頗負盛名。為因應轄內業者拓展產品外銷，符合輸入國檢疫要求，執行之檢疫業務，厥為重點工作。
臺灣為「東方果實蠅」及「瓜實蠅」等國際性檢疫害蟲疫區，鮮瓜果類產品受外國檢疫限制，無法拓展外銷。為突破輸入國之檢疫限制，經積極研發蔬果檢疫殺蟲技術，已開發荔枝、柑桔、葡萄、楊桃、文旦、白柚及木瓜等多種水果之檢疫殺蟲技術，對促進蔬果外銷，紓解產銷平衡壓力，助益良多。
現今因應國際交流日益普遍，各種經濟整合趨勢方興未艾，為維護國內農產生產安全，防範外來疫病蟲害入侵，未來肩負之責任更形重大。本分署全體同仁秉持敬業精神及專業技術，全力與赴，克盡職責，以完成動植物防疫檢疫與屠宰衛生督導任務。
臺中分署轄區
臺中分署外觀
