本分署轄區涵蓋基隆港、臺北港、臺北松山國際機場、蘇澳港、花蓮港、花蓮和平工業港、花蓮國際機場、馬祖南竿機場、北竿機場、福澳港及白沙港等，基隆港為北臺灣動植物產品輸出入主要口岸，有57座碼頭，因其腹地狹小，貨櫃集散場及冷凍（藏）倉儲等分散於基隆市五堵、七堵、中正區、中山區及新北市瑞芳區、汐止區等地，共計有3個倉儲、12個貨櫃場。輸入動物產品以冷凍（藏）畜禽肉為主，動物飼料及雜碎次之；輸出動物產品以加工羊毛為主，羽絨製品次之；輸入植物產品以水果類為主，蔬菜類、榖類及木材次之；輸出植物產品以苗木及種子為主。
