基隆分署轄區範圍包括台北市、新北市、基隆市、宜蘭縣、花蓮縣及福建省連江縣等地區，主要業務為辦理輸出入動植物及其產品檢疫、肉品屠宰衛生檢查與督導等項目，目的在於強化國際間動植物及其產品檢疫工作，防範國外危險性疫病害蟲入侵，並加強國內畜禽屠宰衛生檢查，以確保我國農畜生產環境安全，提供國人衛生安全之農畜產品。

  基隆分署
地址： 基隆市義二路 88 號 1 樓 （ 地圖 ）
電話： 02-24247363
免付費檢舉專線：0800-247363
傳真： 02-24247364
電子信箱： klservice@klaphia.gov.tw

 臺北檢疫站
地址： 新北市八里區商港路123號3樓（臺北港行政大樓裙樓3樓） （ 地圖 ）
電話： 02-26195007、26195011、20195025、26195072
傳真： 02-26195079、20195087

 臺北松山機場檢疫站
地址： 台北市松山區敦化北路340之9號 （ 地圖 ）
出境櫃檯 電話： 02-87701529  傳真： 02-25462791  電子信箱： departure@klaphia.gov.tw
入境櫃檯 電話： 02-87701535  傳真： 02-25462802  電子信箱： arrival@klaphia.gov.tw

蘇澳檢疫站
地址： 宜蘭縣蘇澳鎮港區路 1 號蘇澳港行政大樓 1 樓 （ 地圖 )
電話： 03-9967952
傳真： 03-9967953

花蓮檢疫站
地址：花蓮縣花蓮市中華路512號 （ 地圖 ）
電話： 03-8533613
傳真： 03-8514713

馬祖檢疫站
地址： 連江縣南竿鄉福澳村135-6號3樓 （ 地圖 ）
電話： 0836-22833
傳真： 0836-22960