花蓮檢疫站於89年5月24日設置成立。
地址： 970017 花蓮市中華路512號 （ 地圖 ）
電話：03-8533613、03-8533691
傳真：03-8514713
主要業務：
一、受理申報檢疫及發證。
二、花蓮港及花蓮航空站入出境旅客攜帶動植物及其產品檢疫。
三、輸入植物及其產品檢疫：如木片、原木等 。
四、輸出動物及其產品檢疫：如犬、貓、冷凍鴨肉等 。
五、輸出植物及其產品檢疫：如水果、種子、白米等。
六、家禽家畜屠宰衛生檢查之查核與督導 。
