馬祖檢疫站依據「試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法」第三十一條於89年12月16日成立
南竿福澳港辦公室
地址：209002 連江縣南竿鄉福沃村135-6號3樓（地圖）
電話：0836-22833、0836-22808
傳真：0836-22960
南竿機場檢查服務櫃台
地址：209002 連江縣南竿鄉復興村220號
電話：0836-26390
北竿機場辦公室
地址：210005 連江縣北竿鄉塘岐村175號
電話：0836-55389
傳真：0836-55400
北竿白沙港辦公室
地址：210006 連江縣北竿鄉白沙村72號2樓
電話：0836-55418
主要業務：
一、執行大陸輸入馬祖地區貨物及入境旅客攜帶動植物及其產品檢疫
二、執行自馬祖返台旅客攜帶動物及其產品檢查
三、執行進出馬祖地區動物及其產品檢查
四、針對郵寄動物及其產品之郵包執行檢查作業
五、配合其他行政機關不定期舉辦動植物防檢疫宣導
