馬祖小三通旅客入境檢疫相關規定
依「動物傳染病防治條例」、「植物防疫檢疫法」及「旅客及服務於車船航空器人員攜帶或經郵遞動植物檢疫物檢疫作業辦法」規定，旅客攜帶動植物檢疫物入境者應主動申請檢疫，否則將處新臺幣3千元以上100萬元以下罰鍰，且檢疫物將遭退運或銷燬。
一、動物及其產品
旅客禁止自中國大陸攜帶活動物及含動物成份之產品（無論生熟，但供人食用之高溫滅菌罐頭製品除外）入境，旅客如未主動向海關申報或向防檢署申請檢疫被查獲者，除依「動物傳染病防治條例 」第45條之一處新臺幣1萬至100萬元罰鍰外，另不合格之檢疫物仍須沒入、銷燬。
二、植物及其產品
旅客自中國大陸攜帶植物及其產品入境前，應事先洽詢本署相關檢疫規定，並於入境時誠實向海關或本署申請檢疫。如未主動申報或申請檢疫被查獲者，將依「植物防疫檢疫法」第17條第2項及第25條之1規定處新臺幣3千元以上、1萬5千元以下罰鍰，且不合格之檢疫物須沒入銷燬。
輸入植物或其產品相關檢疫條件如下：
1. 禁止輸入項目：
(1) 鮮果實(水果)：依財政部關稅總局公告「自87年10月1日起禁止旅客攜帶新鮮水果入境」執行。
(2) 土壤及附有土壤之植物、植物產品或其他物品。
(3) 來自危險病害疫區的寄主植物或其產品。
(4) 經危險病蟲害疫區轉運的植物。
(5) 產地不明植物。
(6) 有害生物或活昆蟲。
2. 有條件輸入項目：
應檢附輸出國植物檢疫證明書並加註相關檢疫條件(如種子)。
