我國之動植物防疫向由原行政院農業委員會 (簡稱農委會) 掌理，而動植物檢疫則是政策主管及業務執行分隸原農委會及前經濟部商品檢驗局 (簡稱商檢局) 掌理，由於兩者機關之施政重點有別，前者著重於保障農業生產安全，後者側重在促進產品自由貿易，故事權不一，檢疫政策難以貫徹執行，亦使檢疫與防疫難免脫節。為使防疫檢疫業務事權統一，原農委會於民國75年即已徵得經濟部同意，於適當時機將該部商檢局執行之動植物檢疫業務移由原農委會主管。
由於動植物防疫檢疫過去未受社會大眾應有之重視，每年都有新的動植物疫病蟲害，隨輸入或攜入之動植物及其產品傳入國內，造成之經濟損失相當可觀，不利於相關產業的經營發展。民國86年動物惡性傳染病-口蹄疫疑因動物或其產品走私而傳入我國，造成豬隻嚴重疫情，毛豬生產內外銷遭到空前的影響，且直接間接造成養豬及相關產業之鉅額損失達數百億元，此重大經濟損失使各界重新審視動植物防疫檢疫之重要性，且為因應我國加入世界貿易組織（ WTO ）後，國際農產品貿易更加頻繁，動植物疫病蟲害傳入之機率亦大增，因此確有必要成立專責機關，負責動植物防疫檢疫統一之管理。
原農委會積極完成動植物防疫檢疫局組織條例草案暨所屬各分局組織通則草案，提經行政院審查通過，並經立法院於民國87年5月30日完成三讀程序，於同年6月24日由總統以華總（一）義字第8700123980號令公布施行。並於民國87年8月1日正式成立「行政院農業委員會動植物防疫檢疫局」（簡稱防檢局）暨所屬基隆、新竹、臺中及高雄等四個分局，將動植物防疫檢疫之政策擬訂與執行事權統合而為一，我國之動植物防疫檢疫邁入一個新的里程碑。
嗣配合行政院組織改造，民國112年5月16日，立法院三讀通過農業部暨所屬機關（構）組織法，農業部動植物防疫檢疫署組織法經總統112年5月31日華總一義字第11200045491號令公布，並依行政院112年7月13日院授人組字第11220012671號令自112年8月1日施行，防檢局改制為農業部動植物防疫檢疫署，未來將持續落實防檢疫措施，維護動植物健康，確保農產品安全。
