有鑒於旅客入境時可能有攜帶外國農畜產品的需求，卻不諳我國相關檢疫規定，未於入境時向本署申請檢疫，如果這些產品附著危險性疫病害蟲並且被帶到國內，則將對我國農畜產業造成極大的威脅，因此本署前身防檢局在 90 年開始規劃利用檢疫犬之靈敏嗅覺，協助檢疫人員偵測行李中之動植物產品，以強化動植物檢疫功能與效率，降低疫病害蟲入侵之風險。
檢疫犬計畫執行之初，本署委託美國農部動植檢疫局之檢疫犬訓練中心代練 3 隻檢疫犬及領犬員，並於 91 年 10 月返國後加入檢疫工作的行列；為擴大檢疫犬組，並建立我國自行訓練制度，復於 92 年委託屏東科技大學建設動植物檢疫偵測犬訓練中心，辦理檢疫犬及領犬員組訓練教案設計與編輯，及規劃訓練檢疫偵測犬組。該校於 93 年 2 月完成 1 組赴美國夏威夷受訓的檢疫偵測犬組，並持續邀請紐西蘭籍訓練師來臺進行檢疫犬組及訓練師訓練；偵測犬訓練中心亦於 94 年 8 月落成，使犬隻在良好的環境中訓練、實習，縮短執勤前對於氣候及環境的適應期，並已培訓出本土訓練師自主訓練犬組及進行執勤輔導，讓檢疫犬組執勤成效提升。
近年為因應非洲豬瘟疫情，增加檢疫犬配置，目前全臺共有 56 組檢疫犬組，配置松山機場、桃園國際機場、臺中機場、高雄機場與金門水頭碼頭，另機動到臺北、臺中、臺南及高雄國際郵件處理中心，以及基隆港、臺北港、臺中港、高雄港執行輸入郵包及快遞貨物偵測。檢疫犬依照「 政府部門執勤犬照護管理規則」規定，執勤之工作時間每星期不得超過 40 小時，每次不得連續執勤超過 4 小時，並於檢疫犬組執行偵測勤務標準作業程序，規定每次執勤時間不超過 40 分鐘，結束後並應給予犬隻至少 10 分鐘之休息時間，每日執勤時間累計不得超過 4 小時 ，並配合航班時刻機動性支援執勤或加強訓練工作。另針對我國實際需求，增加檢疫犬所能偵測之產品種類及提升正確性，訓練工作仍不斷進行，規劃每週至少安排 1 日之例行訓練。檢疫犬偵測標的物計可達 10 餘種動物產品及 80 餘種植物產品，平均偵測正確率經測驗確認可達 8 成以上。自 91 年 10 月迄今，檢疫犬組已查獲超過 72萬件、833公噸以上農畜產品 ，包括多種水果、蔬菜、活植株、種子、活鳥、蛋類、生鮮肉類及肉類加工製品等，均依檢疫規定銷燬或辦理退運， 並多次自旅客違規攜入之鮮果實中攔截到檬果種子象鼻蟲 ( Sternochetus mangiferae) 、番石榴果實蠅 ( Bactrocera correcta) 、桃果實蠅 ( Bactrocera zonata) 、檬果象鼻蟲 ( Sternochetus frigidus) 、木瓜果實蠅 ( Bactrocera papayae) 、桃蛀果蛾 ( Carposina sasakii) 等重要檢疫害蟲，及查獲自高病原性禽流感疫區之走私活鳥，有效防杜動植物疫病害蟲入侵。
檢疫犬組亦配合本署各樣動植物防檢疫宣導活動及接受媒體採訪，許多團體參訪本署各分署時，亦安排檢疫犬組進行偵測示範表演與解說，並到多所學校對師生進行檢疫宣導，廣獲好評，將檢疫規定及全民防檢疫觀念傳達給大眾，實為本署最佳代言人。
在此籲請民眾，欲輸入動植物產品前應事先詢問相關檢疫規定，切勿擅自輸入或郵寄回國，以免違反規定而遭受銷燬，甚至受罰鍰處分。並請民眾勇於檢舉走私動植物及其產品，檢舉專線為 0800-039131 ，與政府共同配合維謢我國農業環境與生態安全。
