1. 組織
(1)組織架構
農業部動植物防疫檢疫署（以下簡稱本署）組織設置，依農業部動植物防疫檢疫署組織法規定，本署置署長 1 人，綜理署務；副署長 2 人，襄助署務；下置主任秘書 1 人，設 6 個業務單位及 4 個輔助單位。
本署設有基隆、桃園、臺中、高雄等4分署，分署置分署長及副分署長各 1 人，其下置秘書1人，並設3個業務單位及4個輔助單位。分署於轄下之交通要衝或農畜水產品主要產銷地區，共設有18處檢疫站。
(2)人員編制
本署暨所屬分署編制員額為511人，其中本署162 人，分署共計349人。經行政院核定112年度職員預算員額 ( 含聘用 、約僱人員 ) 為490人，其中本署140人，基隆分署為 68 人，桃園分署為 119 人，臺中分署為 70 人，高雄分署為 93 人。
2. 掌理事項
(1)本署主要掌理事項
(2) 分署主要掌理事項
3. 聯絡資訊
總署：臺北市中正區和平西路二段100號9樓
TEL：02-23431401 FAX：02-23322200
檢舉專線：0800-039131
E-mail:aphia@aphia.gov.tw
基隆分署：基隆市義二路88號
TEL：02-24247363 FAX：02-24247364
檢舉專線：0800-247363
E-mail:klservice@klaphia.gov.tw
桃園分署： 桃園市大園區航勤北路25號
TEL:03-3982663 FAX:03-3982313
檢舉專線：0800-025965
E-mail:tyservice@tyaphia.gov.tw
臺中分署：臺中市南區國光路250號動植物防疫檢疫大樓
TEL：04-22850198 FAX：04-22850136
檢舉專線：0800-060189
E-mail:tcaphia@tcaphia.gov.tw
高雄分署：高雄市小港區山明路2-2號
TEL：07-8015880 FAX：07-8015825
檢舉專線：0800-262777
E-mail: kh-service@khaphia.gov.tw
