本分署置分署長1人，綜理分署業務，下置副分署長、秘書各1人，設動物健康科、植物健康科、肉品檢查科、秘書室、人事室、主計室、政風室、高雄港檢疫站、高雄機場檢疫站、臺南檢疫站、金門檢疫站及屏東檢疫站等單位。轄區包括臺南市、高雄市、屏東縣、台東縣及金門縣等5縣市，工作執掌為辦理轄區動植物及其產品輸出入檢疫、國內重要動植物疫病蟲害防疫與屠宰衛生檢查及進出金門地區動植物及其產品檢查業務，以防杜境外疫病蟲害入侵，確保國內農業生產安全，並維護國內自然生態環境及動植物與人類健康。

 
業務執掌 

1. 輸出入動物及其產品之檢疫 

2. 輸出入植物及其產品之檢疫 

3. 督導及查核肉品屠宰衛生檢查業務 

4. 受理輸出入動植物及其產品檢疫之申報、發證、查核及管理 

5. 輸出動植物及其產品產地檢疫 

6. 動植物疫病、蟲害疫情之蒐集及報告 

7. 出入境旅客攜帶動植物及其產品檢疫 

8. 金門小三通動植物及其產品檢疫（查）業務 

9. 協助督導地方農業主管機關辦理動、植物防疫及健康種苗之疫病、蟲害檢查

10.其它有關動植物防疫、檢疫執行事項

行政組織架構