本分署轄區遼闊涵蓋臺南市、高雄市、屏東縣、台東縣及金門縣，每年執行動植物及其產品檢疫數量為全國之首，業務具多重型態，其中包括：
1.臺南機場及高雄國際機場輸出入動植物及其產品檢疫業務。
2.全國最大港 -高雄港散裝與貨櫃裝運輸入動植物及其產品檢疫業務 。
3.負責南部各縣市及金門地區豐富多樣之農畜產品之輸出產地檢疫業務。
4.負責南部各縣市及金門地區之肉品屠宰衛生檢查業務。
5. 金門小三通之檢疫（查）業務。
本分署暨所屬檢疫站業務轄區劃分
◎ 動物健康科 ： 負責高雄市、屏東縣、台東縣輸出動物及其產品檢疫、動物防疫等業務。
電話： 07-9720509 傳真： 07-9726612
◎ 植物健康科 ： 負責高雄市、屏東縣、台東縣輸出植物及其產品檢、植物防疫等疫業務。
電話： 07-9720510 傳真： 07-9726665
◎ 肉品檢查科 ： 負責高雄市、 屏東縣及台東縣屠宰場屠宰衛生督導及查核業務。
電話： 07-9720511 傳真： 07-9726662
◎ 高雄港檢疫站 ：負責下列區域之輸入動、植物及其產品檢疫業務：
電話： 07-9720601 傳真： 07-9720646
◎ 高雄機場檢疫站 ：負責高雄小港國際機場貨運站、旅客出境室及旅客入境室之輸出入動、植物及其產品檢疫業務。
電話： 07-9720201 傳真： 07-8068427、07-9720210
◎ 臺南檢疫站：負責執行臺南市輸出入動、植物及其產品檢疫業務(包括臺南機場及安平港)、屠宰衛生檢查稽核、輸入雛禽隔離檢疫及配合分署執行防疫工作等。
電話： 06-2752771 傳真： 06-2758215
◎ 金門檢疫站：負責金門地區輸出入動、植物及其產品檢疫及金門地區運往臺灣本島之動、植物及其產品檢查業務與金門地區肉品屠宰衛生督導及查核業務。
電話： 082-375571 、 082-375572 傳真： 082-375570、082-320036
◎ 屏東檢疫站：負責執行屏東縣之輸出入動植物及其產品檢疫業務、屠宰衛生檢查稽核、屏東農業生物科技園區之輸出入動植物及其產品檢疫業務及配合分署執行交辦工作等。
電話：08-7623862、7623863 傳真：08-7623867
