<<申辦輸出動植物檢疫業務前，請事先預約檢疫時間，以免久候。>>
地 址：701002 臺南市東門路1段320號4樓
電 話：(06) 2752771、2752772
傳 真：(06) 2758215
服務時間：星期一至星期五 上午 8：30 ~ 12：30，下午 1：30 ~ 5：30。
附註：申請加班檢疫請於上班時間內提出。
位置圖：
交通資訊： Google地圖規劃路線 (緯度：22.986743 經度：120.216866)
| 大眾交通公具 | 路線 |
| 高鐵 | 於高鐵台南站轉搭台鐵沙崙支線，於台南火車站下車轉乘台南市公車3路公車→東門教會下車，往東門樓方向步行約2分鐘，距離100公尺，本站位於農糧署南區分署辦公樓4樓。 |
| 火車 | 台鐵台南站→轉乘台南市公車3路公車→東門教會下車，往東門樓方向步行約2分鐘，距離100公尺，本站位於農糧署南區分署辦公樓4樓。 |
| 公車 |
1.東門教會站：搭乘台南市3路公車至東門教會下車，往東門樓方向步行約2分鐘，距離100公尺，本站位於農糧署南區分署辦公樓4樓。 |
| 自行開車 | 路線 |
| 中山高速公路線 |
1.由中山高仁德交流道下→中山路→接東門路三段→至東門路一段東門樓左側，本站位於農糧署南區分署辦公樓4樓。 |
業務職掌：
1 . 輸出動物及其產品檢疫：如犬貓、 觀賞鳥、皮革及飼料…等。
2 . 輸出植物及其產品檢疫：如牛蒡、胡蘿蔔、蘭花、稻草、蔬菜種子及其他生鮮或冷凍蔬果等。
3 . 輸入動植物及其產品郵包檢疫 ,集中於台南郵件處理中心執行檢疫。
4 . 輸入種雛禽及活植株隔離檢疫業務。
5. 督導及查核台南地區肉品市場及屠宰場之屠宰衛生檢查工作。
