動植物防疫檢疫署（以下簡稱防檢署）自八十七年八月一日正式成立後，其動植物檢疫申報發證系統（以下簡稱檢疫申報發證系統）經參考前經濟部商品檢驗局原執行檢疫業務單位之申報發證系統，採Client-Server架構環境重新規劃，完成建置於八十八年七月一日正式啟用，供防檢署基隆、桃園、台中及高雄等四個分署及十三個檢疫站辦理輸出入動植物檢疫申報與發證各項業務，並統計檢疫結果。迄今每年輸出入動植物檢疫數量經統計約十一萬批次。
檢疫申報發證系統之建立，係先行藉由電腦系統簡化檢疫程序，建立防檢署檢疫申報發證運作模式，再依各分署業務特性與需求，對檢疫申報發證資料登錄與申報、權限安全管理、檢疫規費收費、案件稽核、資料驗對與發證等各項功能，逐年修正及強化。為確保檢疫申報發證系統之正常運作，自八十九年起進一步配合防檢署網路骨幹系統環境，開發網際網路版檢疫申報發證系統，辦理輸出入動植物檢疫之各項業務，並逐年推展網際網路版檢疫申報、資料查詢、繳扣款等多元化為民服務與便民措施。
為配合行政院所定之「電子化政府」、國際貿易無紙化、便捷化及海關連線作業等政策，防檢署自八十九年七月起，積極蒐整我國重要貿易夥伴國家相關電子檢疫資訊資料，並配合防檢署網路骨幹系統、檢疫申報發證系統及電子檢疫資訊認證系統，進行規劃、環境開發及整合工作，擬藉由網際網路傳輸與資訊系統，提昇行政效率，提供更多元化為民服務管道，以達到為民服務之宗旨。
應施檢疫動植物品目表
「應施檢疫動植物品目表」請連結本署網站「訊息公告」進行下載
如需線上查詢「應施檢疫動植物品目」稅則號列，請連結國際貿易局「貨品輸出入規定查詢」 系統
註：請於「規定代號」欄位填入「B01」進行查詢。
應實施動物檢疫品目-請另連結 「本署動物檢疫→應實施動物檢疫品目」
應施檢疫植物品目-請連結 「本署植物檢疫→輸入植物檢疫」
