1.流程圖

2.作業說明

(一)業者申請檢疫
申請輸出、輸入、轉口或過境檢疫物之人（以下簡稱申請人）或其代理人應檢具申請書，並檢附相關文件向本分署暨所屬檢疫站申請檢疫。申請人委託代理人申請檢疫時，應先辦妥委任事宜。
申請人或其代理人申請檢疫方式除於臨櫃申請外，並得以傳真或網路為之。網路申請案件得優先受理。

(二)受理及電腦登錄
1. 臨櫃及傳真申請：
由本分署櫃檯人員依申請人或其代理人提供之申請書資料登錄系統中，櫃檯人員列印系統產生之申請書併同上述之申請書及相關證明文件，先請申請人或其代理人確認資料無誤後簽名或蓋章，再交由檢疫人員進行文件審查。
2. 網際網路申請：
申請人或其代理人透過業者網路申報系統申請成功後，系統會自動產生網路單號，申請人或其代理人可將該網路單號填寫於所須檢附之證明文件上，以傳真或電子郵件傳送到受理櫃檯，受理櫃檯人員收到文件後，利用系統網路收單功能，輸入網路單號即可接收該筆申請資料，存檔後由系統自動產生申請書號碼，櫃檯人員列印系統產生之申請書併同檢附之證明文件，再交由檢疫人員進行文件審查。

網路申請案件，得免附下列文件：
(1) 申請書紙本
(2) 輸入檢疫案件申報內容與海關傳送之進口報單內容比對無誤者，得免附海關進口報單影本
(3) 輸出檢疫案件具海關受理之出口報單號碼者，得免附商業發票紙本或其他銷貨證明
3. 網路申請作業無法正常使用時，改以書面方式辦理。

(三)收費(收費方式依下列3種方式收取各項檢疫規費)
1. 申請人或其代理人臨櫃繳交現金或支票。
2. 申請人或其代理人使用虛擬帳號轉帳進行繳款。
3. 申請人或其代理人已辦理完成「轉帳付款授權書」者，申請檢疫案件相關規費統一從申請人或其代理人的臺灣銀行帳戶代扣繳納。
4. 申請人或其代理人完成上述3種任一方式繳費後，收費人員即開立收據於櫃檯交予申請人或其代理人，或由檢疫人員於臨場檢疫時轉交，或依其要求郵寄，但所需郵資及信封必須由其自行提供。

(四)檢疫費按輸出檢疫物品離岸價格或輸入檢疫物品完稅價格之千分之一計收。但輸入檢疫物品為小麥、大麥、玉米、黃豆者，按其完稅價格之千分之0.5計收。

(五)動植物檢疫機關派員執行臨場檢疫、檢疫處理、押運、設施或場地審查等檢疫業務，依下列規定計收臨場費：
1. 每人每次五百元。但無法於當日往返者，其費用依國內出差旅費報支要點規定之各項費用基準計收。
2. 每批檢疫物品計收檢疫人員一人次之臨場費。
3. 同一申請人，申報多批存置於同一處所之檢疫物品，同時臨場檢疫者，計收檢疫人員一人次之臨場費。
4. 前項各款情形於檢疫物品數量過多，非一人一日所能完成者，動植物檢疫機關得依實際派員及日數，計收臨場費。
5. 動植物檢疫機關於港、站之倉儲、貨櫃場或其他場所設置派駐辦公處所，並派員執行檢疫業務者，免收臨場費。

(六)檢疫規費以新臺幣（元）計算。

(七)申請檢疫單位主管就申請書內容審核無誤後，於申請書上核章後送交檢疫單位，由檢疫單位主管核派檢疫人員實施臨場檢疫。

(八)輸出檢疫案件：檢疫人員接受檢疫單位主管之核派，完成書面審查後，可先至受理櫃檯預印檢疫證明書，隨後即赴檢疫物存放地點實施臨場檢疫，如檢疫合格則於檢疫證明書上簽署，當場核發檢疫證明書，並交由櫃檯人員登錄檢疫合格結果；不合格則送交櫃檯人員登錄結果，並製發不合格通知書通知申請人或其代理人。

(九)輸入（含轉口、過境）檢疫物申請案件：檢疫人員接受核派後，前往貨物存放地點臨場檢疫，經檢疫合格者，以電話通知櫃檯人員登錄檢疫合格結果，並傳送合格電子訊息給海關放行，如判定不合格則登錄檢疫不合格結果並傳送不合格電子訊息給海關，檢疫單位製發不合格通知書交予申請人或其代理人向海關辦理銷燬或退運。

(十)檢疫完成之案件交由櫃檯人員登錄結果，並將申請書及相關文件歸檔備查。